Usar el microondas para cocinar es un proceso más o menos instantáneo que produce un calentamiento en cualquier punto del alimento, especialmente con un grosor que no sea superior a 5 cm. El calentamiento no es uniforme, por lo que puede suponer un inconveniente para la calidad final del alimento.

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En el caso de los microondas, se cocinan utilizando radiación electromagnética, lo que significa que las ondas están cambiando los campos eléctricos y magnéticos, afectando especialmente a las moléculas como el agua, que es polar, con diferentes cargas en diferentes partes.

Para cocinar o calentar alimentos en el microondas, es necesario hacerlo en recipientes aptos para el mismo como son cristal, cerámica, papel… ya que son transparentes a las radiaciones que emite el microondas y su temperatura no cambia.

El microondas cambia el valor nutricional de nuestros alimentos, sin embargo, también lo hace cualquier otro método de calentado o cocción. En realidad, al cocinar alimentos en el microondas la pérdida de nutrientes es menor que en otros métodos. Esto puede estar relacionado con el tiempo ya que el microondas puede calentar los alimentos más rápido que otros electrodomésticos.

El tiempo de calentamiento o cocción es importante para los nutrientes de los alimentos, por ejemplo, micronutrientes como las vitaminas presentes en los alimentos que vamos a consumir, se descomponen más cuanto más tiempo están expuestas al calor, siendo la vitamina C, una vitamina especialmente sensible. El microondas por ejemplo, es un método más rápido con respecto a otras técnicas, por lo que su pérdida será menor.